Rahim ağzı kanseri gibi HPV ile ilişkili kanserler için tedavi seçenekleri arasında cerrahi operasyon, radyoterapi ve kemoterapi yer almaktadır. Rahim ağzı kanseri, tüm kanserler içinde zamanında yapılan tarama testleriyle önlenebilir tek kanserdir. Erken teşhis edildiğinde %100’e yakın tedavi sağlanabilmektedir. Bu nedenle HPV ile ilişkili enfeksiyonlarda özellikle tarama, erken teşhis ve erken tedavi önemlidir.
Genital siğillerin ise bazı türleri kendiliğinden geçebilir, aynı kalabilir veya boyut ya da sayı olarak büyüyebilirler. Tedavisinde hastanın evde kendisinin uygulayacağı veya doktorun klinikte uygulayacağı tedavi seçenekleri mevcuttur. Genital siğile neden olan virüslerden HPV tip 16 ve tip 18 rahim ağzı kanserine de neden olabilmektedir.
HPV enfeksiyonu geçirince ilişkili hastalıklara karşı doğal korunma gelişmez. Çünkü bu virüs kanda dolanmaz ve bu nedenle vücut tanıyıp koruma geliştiremez.
HPV enfeksiyonuna ve ilişkili hastalıklara yakalanma riskini azaltabilmek için HPV aşısının yapılması önerilmektedir.